Indeks Kota Toleran adalah indeks yang memperlihatkan bagaimana praktik toleransi terbaik kota-kota di Indonesia, dengan memeriksa seberapa besar kebebasan beragama/berkeyakinan dijamin dan dilindungi melalui regulasi dan tindakan serta disandingkan dengan realitas perilaku sosial kemasyarakatan dalam tata kelola keberagaman kota, khususnya dalam isu agama/keyakinan.
Toleransi adalah pikiran, perasaan dan tindakan yang berhilir pada kedamaian, menghormati yang berbeda, bijaksana dalam memandang nilai-nilai kemanusiaan serta keberanian untuk bertindak berdasarkan nilainilai kemanusiaan itu.